По оценкам ВОЗ Россия является одной из 22 стран с наибольшим бременем туберкулеза (ТБ) и входит в тройку лидеров по заболеваемости туберкулезом с множественной лекарственной устойчивостью возбудителя (МЛУ-ТБ). В стране регистрируется более трети всех новых случаев туберкулеза, зарегистрированных в Европейском регионе, причем смертность от заболевания превышает показатели стран Европы в 5–8 раз. В самом коротком формате для лечения ТБ требуется шесть месяцев комплексной лекарственной терапии смесью антибиотиков широкого спектра действия и антибиотиков, специфичных для Mycobacterium tuberculosis. Лечение туберкулеза с множественной лекарственной устойчивостью подразумевает ежедневный прием как минимум 7-9 пероральных противотуберкулезных препаратов в течение 8-18 месяцев. Широкое использование данных режимов лечения делает их одними из наиболее длительных курсов воздействия антибактериальных препаратов на организм человека, однако влияние данных режимов лечения туберкулеза на микробиом кишечника и его стабильность мало изучены.

Настоящий проект направлен на изучение влияния многокомпонентной противотуберкулезной антибиотикотерапии на микробиом кишечника больных туберкулезом, выявления резистентных штаммов (резистома), а также поиск корреляций между изменениями в кишечном микробиоме и эффективностью назначенного лечения. Очевидно, что в свете неуклонного роста больных МЛУ-ТБ, низкой эффективности лечения и отсутствия новых эффективных противотуберкулезных препаратов проведение исследований, направленных на изучение особенностей кишечной микрофлоры на противотуберкулезную терапию, являются чрезвычайно актуальными. Новизна проекта заключается в проведении полногеномного анализа микробиома больных ТБ и здоровых доноров, а не только секвенирование генов 16S рРНК. Это позволит получить более полный и детальный анализ филогенетического состава микробиоты, оценить ее метаболическую активность и определить гены-биомаркеры, характерные для микробиоты больных ТБ. Кроме того, мы планируем провести лонгитюдное исследование, где анализ микробиома больных ТБ будет оценен как минимум в двух точках: до начала лечения и после прохождения интенсивной фазы химиотерапии. Это позволит не только оценить изменения в микробиомном разнообразии после введения антибактериальных препаратов, но и позволит оценить механизмы накопления и передачи генов устойчивости, а также определить функциональные сигнатуры, отражающие противотуберкулезный потенциал микробиоты кишечника.