Евгений Ковтунов закончил биологический факультет Саратовского государственного университета им. Н.Г. Чернышевского со специализацией по кафедре биохимии и биофизики. В 2014 году защитил кандидатскую диссертацию на тему «Изменения в структуре ДНК у мутантов ассоциативных альфапротеобактерий Azospirillum brasilense по жгутикованию и социальному поведению» в Институте биохимии и физиологии растений и микроорганизмов РАН (ИБФРМ РАН).В период с 2008 по 2015 год работал в лаборатории генетики микроорганизмов ИБФРМ РАН, с 2015 по 2018 в лаборатории молекулярной биологии Казанского института биохимии и биофизики Казанского научного центра РАН. В 2019 году присоединился к Университету ИТМО, где в настоящее время является постдоком в группе Молекулярная робототехника и биосенсорные материалы.
Область профессиональных интересов: клонирование генов, получение и анализ мутантных форм бактерий, анализ генной экспрессии, социомикробиология.